Nun ich kenne mich mit der Montage von Langlaufbindungen direkt nicht aus. Ich gehe aber davon aus, dass es da durchaus Überschneidungen zu Alpinbindungen gibt und da kann ich dir etwas zu sagen.
Vorweg: Hast du den Ski anders bestellt? Wenn ja: Keine Kompromisse. Entweder sie sollen dir einen saftigen Preisnachlass geben oder einen neuen Ski besorgen. Bei einem Neuski wäre das für mich ein definitiver Wertverlust.
Ansonsten kann man eine Bindung ziemlich problemlos tauschen. Löcher zukleistern oder Stopfen rein und du merkst nicht davon. Das muss handwerklich sauber gemacht werden. Das Problem ist, dass du zu den alten Löchern gewisse Abstände (~1-1,5 cm) einhalten musst. Beim ersten Bindungstausch geht das wohl recht problemlos. Ich würde also sagen der erste Bindungstausch geht in der Regel ohne Qualitätsverlust. Beim Zweiten hast du aber nicht nur einen Satz Löcher sondern schon Zwei auf die du aufpassen musst!
Über die Stabilität würde ich mir da mein Langlaufski keine Sorgen machen. Trotzdem schwächt natürlich jedes Loch den Ski und wenn man viele Löcher auf einem Haufen hat schafft man sich eine Sollbruchstelle. Wie praktisch/theoretisch das nun ist muss jeder selber entscheiden.
Ansonsten muss man es eben abwägen. Eine Sache die vielleicht noch interessant sein könnte ist die demontierbare Bindung. Okay du fragst hier jetzt nicht ohne Grund aber wenn du dich selber an die neue Bindungsmontage wagst würde ich mir überlegen ob das hier auf Langlauf ski übertragbar ist:
http://www.powderguide.com/magazin/equipment/artikel/skiwerkstatt-die-demontierbare-bindung.html
Schlechter als verschlossene Löcher werden die Gewinde auch nicht sein und du kannst später die andere Bindung drauf packen.