Wie alt bist du, was wiegst du, wie oft trainierst du? Hast du Vorerkrankungen an den Knien (Sturz auf Knie vor längerer Zeit) oder anderweitige Belastungen (Verkäufer, der den ganzen Tag steht oder Basketballer)...
Deine Frage kann man nicht beantworten, denn es kann sein, dass es eine beginnende Arthrose ist, oder nur eine Sache der Gewöhnung. Ebenso kann es eine Reizung der Sehnen sein. (Es gibt noch anderes, aber das ist noch seltener.)
Je älter und schwerer du bist, desto eher würde ich an beginnende Arthrose (besser: langsam degenerierender Knorpel) denken und evtl. einen Arzt aufsuchen. Je jünger und leichter du bist, desto eher würde ich auf Gewöhnung oder Sehnenprobleme tippen. Da ersteres (Arthrose) sehr unangenehm werden kann, gehe lieber mal zu Arzt und lasse das abklären. Knirschen deine Knie (Kniescheiben), wenn du sitzt und die Beine ausstreckst? Dann sind es auch eher die Knorpel. Dann bitte zum Arzt gehen.
Wird es von mal zu mal unangenehmer, würde ich auf die Sehnen tippen. In dem Fall mache unbedingt Pause, stretche die Knie regelmäßig und lass es demnächst langsamer angehen.
Bei (zu) großer Schrittweite ist der Lauf auch nicht mehr ganz rund, der Tritt wird leicht etwas ungenau, was die exakte Gelenkführung beeinträchtigt. Auch das ist ungünstig für die Knorpel. Wenn du das nicht ändern kannst, dann tritt tendenziell eher zu langsam und etwas schwerer. Das reduziert das "Schlackern" bei ungenauer Gelenkführung. Achte auch darauf, die Knie immer in einer geraden Linie entlang der gedachten Achse "Beckenknochen - Knie - Sprunggelenke" zu führen, also nicht die Knie nach aussen drücken (O-Beine) oder nach innen führen (X-Beine).